Anch'io un tempo consigliavo di togliere i filtri e il condensatore prima di digitalizzare un modello tuttavia, l'esperienza e un pò di ore sui vecchi testi scolastici di elettronica mi ha fatto ritornare sui miei passi e adesso consiglio vivamente di non togliere nulla; semmai, se si riscontrasse surriscaldamenti anomali, è meglio sostituire il condensatore in parallelo al motore con un altro ceramico da 10 nF 50 Volt o abbassare la frequenza del PWM del decoder se supera i 20 KHz (15 KHz vanno bene).
Il circuito realizzato dalle ferriti e dal condensatore crea in filtro LC passa basso o EMI (https://it.wikipedia.org/wiki/Filtro_EMI) allo scopo di tagliare tutte le emissioni nel campo delle radiofrequenze 150 kHz-30 MHz che vengono generate dagli avvolgimenti del motore.
Questo filtro se fatto lavorare in condizioni normalli è totalmente trasparente al decoder e per condizioni normali intendo la frequenza del segnale di comando del motore (appunto il PWM: https://it.wikipedia.org/wiki/Pulse-width_modulation); se tale frequenza risulta molto più bassa della soglia minima d'intervento del filtro EMI (in un ordine di circa 10 volte quindi circa 15 KHz) sia il decoder che il filtro e il motore lavoreranno nelle specifiche in modo normale; se invece, il decoder genera un segnale PWM ad una frequenza più elevata (per esempio 25-30 KHz) potrebbero verificarsi surriscaldamenti del decoder o del condensatore del filtro. Per questo motivo all'inizio ho consigliato di abbassare la frequenza del PWM o di abbassare la capacità del filtro....una sorta di "scordatura" tra i due.
Se il filtro EMI viene rimosso, è pura leggenda che "non succede nulla perchè il motore è collegato direttamente al decoder"...anzi! Il decoder si ritrova a dover fronteggiare tutta la "porcheria" che arriva dal motore e discriminarla, per esempio, dalla forza controelettromotrice del motore per calcolare l'azione del controllo di carico.
I problemi più grossi sono che nel decoder non ci sono filtri EMI e, qualora ci fossero (caso molto remoto almeno per i decoder per H0 e N) sarebbero troppo lontani dal motore e quindi poco influenti perchè questi filtri sevono a ridurre le emissioni in radiofrequenza, quindi (come tutti i radioamatori sanno) più sono vicini alla fonte di disturbo, più filtrano invece più sono lontani più diventano ininfluenti perchè le radiazioni RF vengono disperse dai cavi di alimentazione che diventano delle vere e prorie antenne.
Tradotto nel nostro hobby, cosa più succedere se togliamo il filtro EMI? Di tutto o nulla...
Nella mia esperienza in molti casi non è successo nulla ma in certi casi sembrava che la locomotiva fosse "posseduta" 
Una locomotiva priva di filtro, quando passava a velocità elevata vicino ai servomotori li faceva impazzire.
Un decoder che funzionava bene ma quando il motore che pilotava arrivava a 3/4 della velocità massima impazziva e poi andava KO...dopo ore di indagine ho scoperto che si era fritto lo stabilizzatore che alimentava il microprocessore, cambiato il componente, stessa prova, stesso risultato...decoder prima impazzito e poi morto...cambiato decoder...stessa fine...poi ho messo un filtro EMI...e sono cessati tutti i problemi adesso sono 4 anni che motore e decoder convivono sereni.
Per arrivare al problema della discussione, non escludo che lo sfarfallio dei led sia prorio causato dai disturbi EMI del motore anzi...secondo me è prorio quello il problema, magari i disturbi riescono a innescare il mosfet che pilota l'uscita o, addirittura i fili di alimentazione dei led posso captare questi disturbi in una quantità tale da innescare il LED visto che assorbendo pochi mA e basta una debole tensione per farli accendere.
Ultima cosa, purtroppo da circa 10-15 anni molti prodotti (se non tutti) elettromeccanici (motori compresi) arrivano dalla Cina, non mi stupirei che la qualità costruttiva sia scesa ad un livello tale da ritrovarci nei modelli delle vere e proprie radioline AM...quindi, ragione in più per incentivarvi a lasciare il filtro sui modelli e, se per caso ci fossero problemi, cambiate i componenti del filtro con altri di migliore qualità (come i motori...anche i componenti elettronici cinesi...non sono il massimo), bastano due impedenze da 100 uH ed un condesatore cercamico da 22 nF 50 Volt...costo circa...1 euro. 
Ciao
Despx
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